1、 品種的遺傳特性

棉花纖維品質很大程度上取決于品種遺傳特性，目前新疆審定和推廣種植的眾多陸地棉品種，纖維長度以中絨檔次（28-30毫米）為主；整齊度指數以較高檔次（83%-85%）為主；斷裂比強度以中檔（26-28厘牛/特）至強檔次（29-31厘牛/特）為主；馬克隆值則以B1(4.3-4.9)和C2(5.0以上)為主。纖維強度和細度較差，達不到高品質棉的要求，而且品種的適應性和穩產性較差，這些棉纖維品質只能維持現狀，遠遠不能滿足生產與市場對高品質棉的需求。 

2、棉花的生產栽培管理及氣候環境影響

2.1、栽培管理技術存在的問題

2.1.1、盲目追求高密度：新疆棉花產量高主要應用了“矮、密、早”的種植模式，在應用高密度栽培模式時，有些棉農盲目將保苗數增至1.8～2萬株/畝，加之頭水追肥時氮肥使用量偏多，導致棉花營養生長勢強，枝葉繁茂，田間密閉通風透光差，病蟲害加劇、蕾鈴脫落及爛鈴數增多。

2.1.2、肥水管理的隨意性：田間施肥種類單一，以化肥為主；前期施肥多，后期脫肥、早衰。

2.1.3、病蟲害防治盲目性：棉田病蟲發生主要采用化學藥劑防治。并且使用的農藥種類帶有很大盲目性，不分殺蟲殺螨，不分內吸觸殺。而且經常是幾種藥劑混合，同時還增加葉面肥和化肥。采用背負式噴霧器噴藥時用水量不夠，有的地方沒有井水，采用含堿的渠水和水坑積水，導致所用藥劑失效。

2.1.4、亂用葉面肥和生長調節劑：棉農使用葉面肥常常是2種或更多種混用，且不合理的多次使用，致使棉花葉片面積增大、枝葉茂盛、葉色濃綠至黑綠，營養生長過旺。所造成的負面作用是由于郁閉遮光，導致脫落量增加，蕾鈴形成偏晚，成熟期推遲，纖維發育差。

2.1.5、殘膜量逐年增加：棉田殘膜回收量甚少，或基本上不回收，導致殘膜逐年增加。同時為了減低成本，農膜選擇0.005mm超薄膜，回收則更困難。

2.1.6、盲目擴大種植面積：宜棉區耕地有限，棉田只能向非宜棉區擴張，加之勞力不足，水資源短缺造成棉花缺水干旱，管理粗放，棉花產業可持續發展水平低。